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Il macrozoobenthos
Il macrozoobenthos è composto da diversi animali invertebrati, come larve di insetti (plecotteri, efemerotteri, tricotteri, ditteri, coleotteri, odonati, eterotteri), crostacei, gasteropodi, molluschi, anellidi, irudinei, turbellari e altri.
Le diverse biocenosi bentoniche reagiscono in modi diversi alle varie condizioni ambientali e quindi, dalla composizione di ciascuna biocenosi osservata si possono trarre indicazioni indirette sui diversi fattori ambientali. Inoltre, poiché questi organismi hanno dei cicli vitali relativamente lunghi (con uno stadio larvale che oscilla tra pochi mesi e vari anni), forniscono un dato sull'impatto subito dal corso d'acqua in questione ad opera dei fattori più disparati, non solo chimici e fisici, ma anche idrologici e morfologici su un arco temporale più largo.
Fino all'anno 2008 compreso, il macrozoobenthos è stato esaminato secondo il metodo I.B.E.; dal 2009 si applica invece il metodo "Multi-Habitat-Sampling" e l'indice STAR.ICM, conformi alla direttiva quadro sulle acque dell'UE.
Multi-Habitat-Sampling e indice STAR.ICM
"Multi habitat sampling" significa campionamento in diversi habitat. In sostanza, prima di iniziare a raccogliere i campioni, nel tratto del corso d'acqua da esaminare si esegue una stima della composizione del substrato dell'alveo, rilevando il grado di copertura delle componenti minerali (fango, sabbia, 
ghiaia, pietre di vari classi di grandezza) e delle componenti biotiche (come foglie cadute, macrofite e legno morto). Poi si stabilisce in quali punti prelevare i dieci campioni quantitativi paralleli, ponderati in base alla frequenza delle categorie di substrato nel corpo idrico. Per esempio, se il 30 % del fondo dell'alveo è coperto da ciottoli grandi, tre campioni verranno prelevati da questo substrato ossia dal habitat di "grandi ciottoli". Materialmente, il campionamento si esegue utilizzando un retino (con luce da 500 μm ) su cui viene applicato un quadrato con una superficie di 0,1 m². E su questa superficie viene campionato il substrato. In totale, quindi, i dieci campioni paralleli corrispondono ad una superficie d'indagine di 1 m². 
Successivamente il campione viene smistato in campo. Di ogni taxon viene contato o stimato il numero di individui. La determinazione degli organismi viene verificata in laboratorio al microscopio.
In questo modo si ottiene un elenco delle specie con i rispettivi numeri di individui, in base al quale si possono calcolare diversi indici. Gli indici vengono sintetizzati nell'indice STAR.ICM e il risultato viene assegnato ad una classe di qualità. La base della classificazione di un corpo idrico è la comparazione del sito da indagare con un sito di riferimento (corpo idrico naturale, non influenzato dall'uomo). Più un corpo idrico è simile al sito di riferimento, più buona è la sua qualità biologica. La qualità biologica delle acque è suddivisa in cinque classi.
L'indice biotico esteso (I.B.E.)
Per il campionamento del macrozoobenthos si utilizza un retino di campionamento standard con maglie di 320 µm. Nell'ambito di un tratto sottoposto all'analisi vengono raccolti tutti gli ambienti rappresentativi lungo un transetto. Gli organismi raccolti vengono liberati in campo dal detrito e fissati in alcool. Inoltre in un protocollo vengono annotate le principali caratteristiche morfologiche ed idrologiche del tratto. Una prima determinazione degli organismi avviene già in campo, poi in laboratorio si verifica la correttezza della determinazione con l'uso di microscopi. Per il calcolo dell' indice biotico sono determinanti due fattori e cioè la ricchezza in specie e la presenza di certe specie sensibili, come per esempio i plecotteri.
Tabella per la determinazione dell'indice biotico
| Taxa che determinano l'ingresso orizzontale in tabella | Numero totale delle U. S. (unità sistematiche): ingresso verticale | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0-1 | 2-5 | 6-10 | 11-15 | 16-20 | 21-25 | 26-30 | 31-35 | 36-... | ||
|
* nelle comunità in cui Leuctra è presente come unico taxon di Plecoptera e sono contemporaneamente assenti gli Ephemeroptera (o presenti solo Baetidae e Caenidae), Leuctra deve essere considerata al livello di Trichoptera per definire l'entrata orizzontale in tabella ** per la definizione dell'ingresso orizzontale in tabella le famiglie Baetidae vengono considerate a livello dei Trichoptera - giudizio dubbio, per errore di campionamento, per presenza di organismi di drift erroneamente considerati nel computo, per ambiente non colonizzato adeguatamente, per tipologie non valutabili con l'I.B.E. (per es. sorgenti, acque di scioglimento di nevai, acque ferme) |
||||||||||
| Plecoptera* |
più di una U.S. |
- |
- |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
13 | 14 |
|
una sola U.S. |
- | - | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | |
| Ephemeroptera (escluso Baetidae**) | più di una U.S. |
- |
- |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
- |
| una sola U.S. | - | - | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | - | |
| Trichoptera | più di una U.S. |
- |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
- |
| una sola U.S. | - | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | - | |
| Gammaridae | tutte le U. S. sopra assenti | - | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | - |
| Asellidae | tutte le U. S. sopra assenti | - | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | - |
| Oligochaeta o Chironomidae | tutte le U. S. sopra assenti | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | - | - | - | - |
| Altri organismi | tutte le U. S. sopra assenti | 0 | 1 | - | - | - | - | - | - | - |
La conversione degli indici biotici in classi di qualità ed il significato di queste ultime viene rappresentato nella seguente tabella.
| Indice Biotico (I.B.E.) | Classe di qualità | Giudizio | Colore |
|---|---|---|---|
| 10-11-12... | I | non inquinato o non alterato in modo sensibile | azzurro |
| 8-9 | II | alterato in modo moderato | verde |
| 6-7 | III | alterato criticamente | giallo |
| 4-5 | IV | molto alterato | arancione |
| 1-2-3 | V | fortemente alterato | rosso |