Le priorità sono parte integrante del sistema di programmazione ed esecuzione del Fondo Sociale Europeo. Le priorità nascono da complesse analisi socio economiche che evidenziano i diversi gap di sviluppo economico o sociale dei diversi territori beneficiari dei fondi strutturali. Le priorità si caratterizzano per essere di tipo trasversale e cioè riferibili a tutti i tipi di intervento coofinanziato (si pensi alle pari opportunità) o specifiche per misura o asse.
Le priorità, se rispettate, offrono punteggi premianti nella valutazione ex-ante dei progetti presentati. In ogni bando vengono declinate sia le priorità trasversali:
Pari Opportunitá,
Società dell'Informazione,
Sviluppo Locale,
sia quelle per asse e misura.

Vi sono inoltre ulteriori priorità sempre manifestate nei bandi a cui sono destinate specifiche percentuali di spesa: politiche per le Piccole e medie imprese (PMI); l'Obiettivo 2 (aree che presentano difficoltà strutturali, si veda l' Allegato 2 del CdP) e i Progetti interregionali. Questi ultimi hanno anche un punteggio premiante in fase di valutazione ex-ante.

Con il bando 2005/2006 è stata introdotta anche una priorità di bando chiamata “Invecchiamento attivo” che prevede un punteggio aggiuntivo per i progetti che concorrono, con azioni innovative, a promuovere l’invecchiamento attivo ed ad elevare il tasso di occupazione delle lavoratrici e dei lavoratori anziani (55-64 anni). E’ stata introdotta in osservanza della strategia europea per l’occupazione (SEO) che ha fra le proprie finalità anche quella di favorire l’occupazione delle persone fra il 55° e il 64° anni.